Su decisión de abandonar la redacción de la ponencia política que a la postre se presentaría en el Congreso tuvo los efectos de un tsumani en el partido. Las diferencias de criterio, según la entonces presidenta del PP vasco, la obligaron a ello. La sima entre los marianistas y los críticos se hizo inmensa. Todo hacía pensar que la ponencia sugeriría un ligero acercamiento al PNV, pero poco después se supo que el texto consideraba que los nacionalistas vascos condenaban el terrorismo al mismo tiempo que todos sus actos desmentían sus palabras, y los consideraba responsable de la radicalización de otros nacionalismos.
Diez de los quince diputados populares vascos aseguraron no compartir “la desconfianza” de su presidenta en Rajoy. Pocos días después San Gil comunicaba al líder del PP su intención de no presentarse a la reelección y de dejar la formación por sentirse defraudada por lo que consideraba un giro de la política de los populares.